Марко Бошнаков е роден во 1878 година во Охрид и станал член на Гемиџиите додека учел во Солунската машка гимназија „Св. Кирил и Методиј“. Тој активно учествувал во Солунските атентати, а неговата улога била клучна при подготовката на експлозијата во Отоманската банка. Бошнаков изнајмил дуќан спроти банката, од каде што бил ископан тунел за поставување на експлозивот, кој подоцна бил активиран од Јордан Поп Јорданов.
По атентатите, Бошнаков бил уапсен заедно со Павел Шатев, Георги Богданов и Милан Арсов. Тие биле осудени на смртна казна, но подоцна казната била преиначена во доживотен затвор. Бошнаков починал на 27 февруари 1908 година во турскиот затвор во Мурзук, Либија. Веста за неговата смрт била објавена и во некрологот на Охридското друштво за помош, каде што бил опишан како херој на македонската борба за слобода.
По неговата смрт, Павел Шатев и Георги Богданов го донеле неговиот череп во Македонија, каде што бил положен во црквата Св. Богородица Перивлепта. Сепак, при градежни работи меѓу двете светски војни, гробот бил отстранет, а остатоците од сите гробови, вклучително и оние на Бошнаков, биле пренесени во црквата Св. Константин и Елена, која станала костурница.
