Стефан Попиванов е роден во Кочани на 17 јули 1875 година. Образованието го започнал во родниот град, продолжувајќи во Скопје и Солун, каде завршил педагошки курс. Посветен на ширењето на револуционерните идеи, во своите статии нагласувал важноста на читалиштата и библиотеките како средство за просветување. Во 1897 година, преку каналот „Гилане“, во Македонија пристигнувала не само оружје туку и револуционерна литература, што придонело за отворање на повеќе библиотеки во Кочани и околината.
Помеѓу 1897 и 1899 година, Попиванов работел како гимназиски учител во Солун, каде започнал активна револуционерна дејност. По Солунските атентати во 1903 година, бил уапсен од турските власти, но по ослободувањето продолжил како учител во Скопје. Во 1905 година учествувал во формирањето на Револуционерниот кружок, по што бил протеран и се засолнил во Бугарија. Таму станал член на Бугарската работничка социјалдемократска партија (тесни социјалисти), а во 1918 година бил уапсен за учество во атентат врз бугарски министер.
Во 1920 година, Попиванов со семејството пребегал во Кралството СХС, каде се приклучил на Југословенската комунистичка партија. Во 1922 година бил избран за секретар на Покраинскиот комитет на КПЈ за Македонија, а во 1923 година учествувал на Втората конференција на КПЈ, залагајќи се за автономија на Македонија. Во следните години бил неколкупати апсен и ослободуван, а во 1926 година заминал во Виена на средби со ВМРО (Обединета) за координирање на активностите во Македонија.
Во 1929 ја напуштил Југославија и заминал во СССР, каде што пристигнал за време на Сталиновите чистки и под сомнение дека бил провокатор, на 1 октомври 1929 година бил уапсен во Москва. На 3 март 1930 година бил осуден за шпиунажа, а три дена потоа, на 6 март бил стрелан на московските гробишта. каде во 1930 година бил осуден за шпионажа и стрелан во Москва. Дури во 1963 година, советските власти го рехабилитирале како невин, а во 1969 година оваа одлука била објавена и во СФР Југославија.
